黄巾起义虽然被朝廷大军镇压了，但还是残留下了许多的弊端。
第一点就是大幅度减少了东汉的人口-------导致东汉朝廷人头税（丁税）收入大幅度降低，恶化了东汉中央朝廷的财政。
第二点便是强化了地方官员的军权------东汉的政制本来就容易制造军阀。西汉的郡守和郡尉分掌行政权和军事权，所以不容易军阀化；而东汉的制度取消了郡尉，郡守既有行政权又有兵权，军阀化的可能性极高。
而因为黄巾起义，地方郡守、刺史们的兵权大幅度提升，为之后的军阀割据打下了基础。
尤其是刘焉始作俑的州牧制，更强化了军阀割据的危险性-----益州刺史刘焉申请为益州牧，第一个当了州牧。
在东汉政制中，州刺史的地位高于郡守但是对郡守只有管辖权而无任免权，无法真正压制郡守，导致军阀割据的可能性降低。
而州牧不同，州牧对郡守有任免权，实际上就是一方土皇帝，军阀割据的可能性大幅度提升。
第三点便是强化了土地兼并的严重性-----------面对蝗虫般的起义军，东汉帝国财税的基础，自耕农们大多不堪一击，要么被裹挟进入黄巾军，要么被黄巾军杀死。
而世家豪强们可以通过建筑坞堡自卫，拥有相对于自耕农更高的生存能力。
所以在黄巾之乱过后，生存下来的世家豪强可以更加肆无忌惮的兼并自耕农土地，导致东汉帝国另一重要财政收入来源田赋也日益流失。
黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响。
为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾起义的浪潮无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的危机。
但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。
在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。
黄巾起义，是我国历史上第三次全国规模的农民革命战争。比起秦末、西汉末两次起义，这是一次有周密计划、有长期准备、有明确目标的农民起义。
同时，这次起义不再利用某些统治者的旗号，而是公开提出“黄天当立”的口号，表明了农民起义有了新的发展。
这表明，起义更缜密，因为领导人大部分为农民，极大的动摇了顽固派的利益，以袁家和其余大小为代表的世家便支持朝廷，抗压黄巾军。
而如今再分析黄巾军失败的原因的话，那便只有说，黄巾军失败的的原因有四点。
其一，黄巾军面对的敌人强大。起义爆发后，镇压黄巾军不仅有庞大的东汉官军，而且还有各地豪强的大小武装，他们面对的是整个地主阶级的疯狂镇压，最终寡不敌众，终于失败。
其二，由于起义计划被叛徒出卖，使起义不得不仓促发动，各地起义军之间的相互配合发生了极大的困难。